El Subproyecto Transversal (SPT) se centra en la capacidad institucional y los servicios universitarios que se necesitan para la co-creación transdisciplinaria y comunitaria de conocimiento que mejore la sostenibilidad y la resiliencia de las comunidades vulnerables. En ese sentido, el SPT tiene su propio campo de estudio sobre las relaciones entre los actores académicos y no académicos que participan en las Comunidades Transdisciplinarias de Aprendizaje (CTA).

Además de realizar investigación metodológica, desarrolla, también, cursos y programas metodológicos que favorecen la transdisciplinariedad y fomentan el desarrollo de capacidades profesionales y personales, facilita las actividades transdisciplinares de otros subproyectos temáticos y de las CTA´s, y fortalecen los servicios universitarios que apoyan a la cooperación transdisciplinar, creación de conocimiento y políticas en temas transversales.